Как вычисляется коэффициент экстинкции белка?

2 Answers

1. 0 Votes 0 Votes  0 Votes

   На основе закона Бугера—Ламберта—Бера мы можем вычислить значение коэффициента экстинкции. Главное уравнение: A=εcl. A — это так называемое поглощение, которое представляет собой десятичный логарифм отношения интенсивности света, проходящего через раствор (прошедший свет), к интенсивности света, поданного на раствор (падающий свет). Таким образом, поглощение можно выразить как -log10(T), где T — коэффициент пропускания. На практике это означает, что сначала мы должны поместить раствор, в котором растворен белок (это будет контрольный образец), в спектрофотометр, а затем помещаем белок в идентичный раствор в том же приборе и измеряем оптическую плотность. Эпсилон (ε) — это коэффициент молярной экстинкции белка, который мы хотим найти. Он является характеристикой данного белка и показывает его способность поглощать световую энергию. c — это молярная концентрация белка (единица измерения: моль/л).
   l – в данном случае означает длину оптического пути и обычно измеряется в сантиметрах. Для вычисления коэффициента молярной экстинкции просто используйте следующую формулу: ε = 5500 * Numb(Trp) + 1490 * Numb(Tyr) + 125 * Numb(cystine), где Numb(Trp) — количество остатков триптофана в молекуле белка, Numb(Tyr) — количество остатков тирозина, Numb(cystine) — количество остатков цистина (то есть цистеин-цистеинового мостика). Если вы хотите самостоятельно рассчитать коэффициент молярной экстинкции, можете воспользоваться следующими сайтами:
   Здесь вы найдете две полезные программы для расчета параметров белков: ProtParam Tool и Protein Calculator. ProtParam Tool позволяет вам вводить идентификатор белка из базы Swiss-Prot/TrEMBL или его аминокислотную последовательность. После ввода вы увидите окно, в котором можно выбрать интересующий вас фрагмент белка. Нажав на синюю гиперссылку, вы перейдете на другую страницу, где внизу найдете раздел «Коэффициенты экстинкции». Если вы вводите аминокислотную последовательность, то сразу перейдете на страницу с этим разделом. Программа Protein Calculator также позволяет вводить полную аминокислотную последовательность белка. Укажите опцию «Molar Absorbanse» и нажмите «Отправить запрос». В появившемся окне вы найдете таблицу с нужными коэффициентами экстинкции. Вам интересен третий столбец для белков с дисульфидными связями (для нативных белков). Также в таблице есть данные для разных длин волн, включая 280 нм.

   - Сен 27, 2023 | Ответить

2. 0 Votes 0 Votes  0 Votes

   Коэффициент экстинкции белка рассчитывается путем измерения оптической плотности (OD) растворов белка при известной концентрации с использованием спектрофотометра. Коэффициент экстинкции представляет собой меру способности белка поглощать свет определенной длины волны. Он вычисляется как отношение оптической плотности к концентрации белка и имеет размерность л/(моль*см). Для точного определения коэффициента экстинкции необходимо знать длины волн, на которых белок поглощает свет, а также концентрацию белка в растворе. Пример расчета коэффициента экстинкции: при измерении оптической плотности раствора белка с концентрацией 1 ммоль/л при длине волны 280 нм получена оптическая плотность 0,8 OD. Тогда коэффициент экстинкции будет равен 0,8/(1*1) = 0,8 л/(моль*см).

   - Ноя 29, 2023 | Ответить